Ce chapitre examine la gouvernance d’ensemble du système français de recherche et d’innovation, qui influence fortement son efficacité globale et l’efficacité des interventions politiques. Il présente les principales institutions en charge du système et les relations qu’elles entretiennent. Les ministères impliqués sont surtout le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et le ministère de l’Économie. Le Commissariat général à l’investissement, en charge du Programme d’Investissements d’Avenir, joue un rôle pivot. La coordination verticale concerne les relations entre ces entités et les organismes de recherche et universités. L’évaluation occupe plus une place de plus en plus importante. Les collectivités territoriales ainsi que les institutions européennes s’impliquent de plus en plus dans le soutien à la recherche et à l’innovation, amenant l’État à redéfinir son propre périmètre d’intervention.